Vergunningen voor veehouderijen, wegen en bedrijventerreinen mogen vanaf nu niet meer worden afgegeven op basis van de huidige stikstofregels.Te hoge concentraties stikstof zijn schadelijk voor de natuur en de gezondheid. Door een overdaad aan stikstof gaan bepaalde plantensoorten sneller groeien, maar komen andere juist in de verdrukking. Voor een tiental veehouderijen betekent de uitspraak dat hun natuurvergunning direct ongeldig is. Er volgen nog veel meer rechtszaken waarin het zogeheten Programma Aanpak Stikstof (PAS) een rol speelt: alleen al bij de Raad van State gaat het nog om zo’n 180 zaken. Op basis van het PAS gaven overheden toestemming voor allerlei activiteiten waarbij stikstof wordt uitgestoten. Bijvoorbeeld voor de aanleg van een weg of de bouw van een veehouderij.
Het uitgangspunt was dat een vergunning wordt verleend als er maatregelen worden genomen om schade aan de natuur in te perken. Bij de bouw van stallen betekent dit bijvoorbeeld dat de stikstofrijke lucht de stal gezuiverd moet verlaten. Het probleem met die aanpak is dat vooraf helemaal niet vaststaat of de maatregelen ook werken.
De PAS-vergunningen moeten worden afgegeven voor bouwprojecten en boerderijen in de buurt van beschermde natuurgebieden, zogenoemde Natura 2000-gebieden. Volgens de Europese regels moeten bepaalde diersoorten in deze gebieden beschermd worden om zo de biodiversiteit in dat gebied te behouden.